Savoir et prévoir. Première chronologie de l’émergence du Covid-19 - Pascal Marichalar, La Vie des Idées, 25 mars 2020

Que pouvait-on savoir et prévoir de l’actuelle pandémie et de son arrivée sur le territoire français ? Premiers éléments de réponse à partir d’un corpus bien défini : le très réputé magazine « Science », et les déclarations de l’OMS depuis fin décembre 2019.

Depuis l’interview d’Agnès Buzyn au Monde mardi 17 mars, les critiques pleuvent de toutes parts sur le gouvernement français. La déclaration de l’ex-ministre de la santé, selon laquelle dès janvier elle aurait prévenu le Premier ministre de la gravité potentielle de l’épidémie de nouveau coronavirus – le mettant même en garde sur le fait qu’il faudrait peut-être reporter les élections municipales – a été interprétée comme un aveu terrible : la ministre de la Santé et le reste du gouvernement savaient ce qui risquait d’arriver, et pourtant ils n’auraient pas agi à la hauteur du risque. Depuis, chaque jour qui passe, avec son cortège d’informations sur la pénurie de tests de dépistage et de masque pour les personnels soignants, ne fait que renforcer le discrédit d’un pouvoir politique dont la cote de confiance était déjà largement entamée par la crise des gilets jaunes et la réforme des retraites.

Le 19 mars, un collectif de plusieurs centaines de médecins a porté plainte au pénal contre Agnès Buzyn et Édouard Philippe, au motif qu’ils « avaient conscience du péril et disposaient des moyens d’action, qu’ils ont toutefois choisi de ne pas exercer  ». Le lendemain, le président Emmanuel Macron a refusé de se prêter au jeu de l’auto-critique, suggérant que la crise touchant la France n’aurait pas pu être prévue : « Je félicite ceux qui avaient prévu tous les éléments de la crise une fois qu’elle a eu lieu  ».

Une histoire du présent

Parlons-en. Ce texte se propose de contribuer par quelques données empiriques à une première chronologie de la crise du Covid-19. Il s’agit d’étudier ce que pouvaient en savoir les femmes et les hommes qui nous gouvernent, ce qu’elles et ils pouvaient prévoir, aussi. Il s’agit d’une histoire du présent, circonscrite aux trois derniers mois, quand bien même il apparaît clairement que dans le cas de la France, certaines décisions prises dans les dernières années, voire décennies – en termes de stockage de masques, et plus généralement de financement de l’hôpital public – jouent un rôle déterminant dans l’évolution de cette crise de santé publique.

Depuis les premières informations fin décembre sur une mystérieuse maladie respiratoire à Wuhan, qu’a-t-on appris, et quand ? À chaque étape de cet apprentissage, quels scénarios d’évolution étaient sur la table ? Était-on vraiment obligé d’attendre jusqu’au moment où le confinement de toute la population, mesure mal ciblée par excellence, devienne incontournable pour permettre aux hôpitaux de soigner correctement les malades ?

Le projet d’esquisser une telle chronologie à chaud peut sembler compliqué. Autour de la maladie Covid-19, les informations sont foisonnantes, de qualité inégale, partagées largement, et évoluent à une vitesse phénoménale. Sur le plan scientifique, on a souligné l’importance inédite prise par les preprints, les articles soumis à publication mais non encore revus ni acceptés, qui permettent un partage beaucoup plus rapide des données et des résultats, avec néanmoins le risque de prêter crédit à certaines publications bancales qui ne passeront pas le peer-review (« ‘A completely new culture of doing research.’ Coronavirus outbreak changes how scientists communicate », Kai Kupferschmidt, Science, 26 février 2020). La controverse autour de l’administration d’hydroxychloroquine aux malades du Covid-19 [1] a également illustré le conflit qu’il peut y avoir entre la logique de la rigueur scientifique (un résultat n’est pas vrai tant qu’il n’a pas été démontré dans les règles) et celle de l’urgence thérapeutique (dans une situation de vie ou de mort, on fait feu de tout bois tant qu’on ne nuit pas aux malades, et a fortiori s’il y a des signaux encourageants).

Pour ne pas avoir à trancher sur ces débats, j’ai choisi un indicateur assez simple de l’état d’une pensée mainstream sur ce que l’on savait, ou croyait savoir, sur ce que l’on reconnaissait comme incertain, et enfin sur ce que l’on pouvait prévoir à chaque instant : les articles de synthèse dédiés au nouveau coronavirus parus dans un journal de réputation internationale, Science. Je crois ne pas trop m’avancer en suggérant qu’au ministère de la Santé, on lit Science.

Le premier article de Science sur le sujet date du 3 janvier. Depuis, il en est paru une soixantaine (à la date du 21 mars). Ces articles, écrits par des journalistes scientifiques spécialisés (notamment Jon Cohen, Kai Kupferschmidt), ont tous une structure similaire : ils font le point sur le débat scientifique en cours sur certaines grandes questions (type de virus, transmission, durée d’incubation, symptômes, mortalité...), en se fondant sur les études publiées ou soumises à publication, et en se faisant également l’écho des décisions et recommandations des grands organes de gouvernance sanitaire – au premier chef, l’Organisation mondiale de la santé. Ce sont des articles accessibles à quiconque a une culture scientifique et médicale de base. A fortiori, à ceux qui gouvernent les risques sanitaires dans notre pays. Dans ces articles, les journalistes mettent en lumière aussi bien les consensus qui se dégagent que les incertitudes qui subsistent, ainsi que les différents scénarios d’évolution qui sont envisagés.

Toutes les dates qui suivent sont celles des articles de Science. Dans ce texte, je me concentre sur quelques moments charnière dans la découverte d’aspects-clé de la maladie et les réflexions sur la prise en charge de l’épidémie. Du point de vue de la gestion politique de l’épidémie, j’identifie quatre grands moments : l’émergence de la maladie (première quinzaine de janvier), la prise au sérieux de la possibilité d’une pandémie (article du 5 février), la confirmation qu’il y a bien une pandémie (article du 25 février), les leçons à tirer de la gestion chinoise (2 mars).

J’interprète ces bornes temporelles comme des dates-limites : lorsque l’information (qui peut être le constat d’une incertitude) est relayée par Science, c’est qu’elle a atteint un certain degré de consensus. Cela n’exclut pas des signaux plus faibles, moins consensuels, qui auraient circulé plus tôt, et qui auraient pu également informer l’action de responsables politiques mus par les principes de la prévision et de la précaution.

Début janvier : l’émergence de la maladie

3 janvier : Science fait le point sur une information qui circule depuis plusieurs jours déjà dans les milieux spécialisés (« Scientists urge China to quickly share data on virus linked to pneumonia outbreak », Dennis Normile, Jon Cohen, Kai Kupferschmidt, Science, 9 janvier 2020). Plusieurs dizaines de cas d’une pneumonie atypique ont été identifiés dans la ville chinoise de Wuhan.

9 janvier : les autorités chinoises ont confirmé quelques jours plus tôt qu’il ne s’agit ni du SRAS ni du MERS, virus impliqués dans de précédentes épidémies (« Scientists urge China to quickly share data on virus linked to pneumonia outbreak », Dennis Normile, Jon Cohen, Kai Kupferschmidt, Science, 9 janvier 2020). Elles déclarent qu’elles ont isolé le virus – il s’agit d’un coronavirus – séquencé son génome, et déjà mis au point un test de dépistage (jamais dans l’histoire la connaissance sur un nouveau virus n’a progressé aussi rapidement). Les autorités chinoises annoncent également qu’il n’y aurait pas de transmission du virus d’humain à humain. Peter Daszak, un spécialiste des maladies infectieuses interrogé par Science, se montre circonspect sur ce point : « je ne comprends pas comment on peut avoir autant de cas sans une transmission d’humain à humain. (...) Je place un drapeau rouge (red flag) sur ce point [2]
 » (quelques jours plus tard, de nouvelles données confirmeront qu’il a raison [3]

).

11 janvier : les chercheurs chinois ont déjà partagé la séquence génétique du virus avec le reste du monde, permettant la fabrication de tests de dépistage (« Chinese researchers reveal draft genome of virus implicated in Wuhan pneumonia outbreak », Jon Cohen, Science, 11 Janvier 2020).

Début février : la possibilité d’une pandémie

Avançons maintenant jusqu’à un article du 30 janvier (« Outbreak of virus from China declared global emergency », Kai Kupferschmidt, Science, 30 janvier 2020). Le monde a déjà bien changé. Science rapporte que l’OMS considère désormais le nouveau coronavirus comme une urgence de santé publique au niveau mondial (Public Health Emergency of International Concern). La maladie s’est déjà propagée à 18 pays. Près de 8000 personnes ont été dépistées positives dans le monde, et 170 d’entre elles sont mortes (toutes en Chine). La transmission « communautaire » (c’est-à-dire sans lien immédiat avec une personne rentrant du foyer chinois) est avérée en Allemagne, au Japon, en Thaïlande, et aux États-Unis. Comme l’explique le docteur Tedros, directeur de l’OMS : « la raison principale de cette déclaration n’est pas ce qui est en train d’arriver en Chine, mais ce qui est en train d’arriver dans d’autres pays.

 » [4] Ou plutôt ce qui n’est pas en train d’arriver : pour l’OMS, il faut que chaque pays se prépare. Science rapporte que pour beaucoup d’observateurs, cette annonce de l’OMS a tardé. Elle aurait pu être faite une semaine plus tôt, mais le comité de l’OMS était encore trop partagé.

Le 5 février, le titre de l’article de Science explicite l’incertitude sur l’avenir : « Le nouveau coronavirus sera-t-il contenu – ou évoluera-t-il en pandémie ? » (« ‘This beast is moving very fast.’ Will the new coronavirus be contained—or go pandemic ?  », Kai Kupferschmidt, Jon Cohen, Science, 5 février 2020). L’article fait le point sur trois tournants cruciaux dans la connaissance de la maladie et de la gestion de l’épidémie.

Le premier tournant a trait à l’existence de patients asymptomatiques. Fin janvier, 565 citoyens japonais ont été rapatriés de Wuhan et ils ont tous fait l’objet d’un test de dépistage. C’est la surprise : parmi les 8 qui ont été dépistés positifs, 4 ne présentent aucun symptôme. Il s’agit d’un nouveau drapeau rouge pour les épidémiologistes : une maladie qui présente des formes asymptomatiques complique grandement les efforts pour contenir l’épidémie, parce qu’on ne peut savoir avec certitude où elle se trouve à un instant t sans dépister tout le monde.

Non seulement il existe des patients asymptomatiques, mais ces derniers sont peut-être contagieux. Le même article de Science évoque une autre étude, réalisée en Allemagne, qui fait polémique depuis sa publication quelques jours plus tôt (« Study claiming new coronavirus can be transmitted by people without symptoms was flawed  », Kai Kupferschmidt, Science, 3 février 2020) : les chercheur.es avaient d’abord conclu qu’une patiente asymptomatique avait un potentiel contaminateur (en anglais on dit poétiquement she sheds the virus, elle perd du virus, à la manière d’un serpent qui mue et perd sa peau...). Il a ensuite été révélé que la patiente n’avait pas fait l’objet d’un examen clinique en bonne et due forme, mais simplement d’un appel téléphonique, ce qui ne correspond pas aux standards habituels.

Les auteurs se sont déjà excusés, la faute ne semble pas imputable à la fraude mais à la vitesse avec laquelle la science est faite en ces temps de crise. Quelques jours plus tard, ils apportent une nouvelle conclusion modifiée à l’article, tout aussi intéressante et inquiétante : il s’avère que oui, la patiente avait bien des symptômes, mais très modérés (au point qu’il serait possible pour un.e patient.e de ne pas s’en rendre compte). Ce qui est déjà en soi un obstacle majeur pour les stratégies visant à contenir l’épidémie.

Le deuxième enseignement important de l’article du 5 février concerne l’avenir. Deux scénarios possibles alternatifs sont présentés : soit le containment réussit ; soit il ne réussit pas, et c’est la pandémie. Les experts interrogés avouent qu’il n’y a pas moyen d’éliminer l’un des deux scénarios avec certitude. Ils semblent même parier plutôt sur le second. Marc Lipsitch, épidémiologiste à l’école de santé publique de l’université Harvard, penche résolument vers la pandémie : « Je serais vraiment stupéfait si, dans deux ou trois semaines, il n’y avait pas une transmission en cours avec des centaines de cas dans plusieurs pays sur plusieurs continents.« [5]
 »

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